diff --git a/src/jira_hub/core/cli.py b/src/jira_hub/core/cli.py
index ace03f0..15469b9 100644
--- a/src/jira_hub/core/cli.py
+++ b/src/jira_hub/core/cli.py
@@ -39,6 +39,7 @@ def main(argv=None) -> int:
             return 2
         try:
             secure_dir(paths.release_root())
+            release.migrate_layout(paths.release_root())            # прежняя раскладка release/ до проверки «только вверх»
             m = release.publish(release.module_dir(paths.release_root(), args.module), args.path)
         except release.PublishError as e:
             print(e, file=sys.stderr)
diff --git a/src/jira_hub/core/mcp.py b/src/jira_hub/core/mcp.py
index 375b673..746f36f 100644
--- a/src/jira_hub/core/mcp.py
+++ b/src/jira_hub/core/mcp.py
@@ -25,11 +25,11 @@ def unknown_project(label) -> str:
     return f"проект {label} не заведён в хабе: project_create или исправьте --project в .mcp.json"
 
 
-def mcp_json(label: str, module: str = "jira") -> dict:
-    """Фрагмент .mcp.json для репозитория проекта: у jira прежний (сервер jira-hub), у прочих модулей — сервер
-    jira-hub-<модуль>."""
+def mcp_json(label: str, module: str = registry.DEFAULT_AGENT) -> dict:
+    """Фрагмент .mcp.json для репозитория проекта: у модуля по умолчанию прежний (сервер jira-hub), у прочих модулей —
+    сервер jira-hub-<модуль>."""
     run = ["run", "--project", str(HUB_ROOT), "jira-hub", "mcp"]
-    if module == "jira":
+    if module == registry.DEFAULT_AGENT:
         return {"mcpServers": {"jira-hub": {"command": "uv", "args": [*run, "--project", label]}}}
     return {"mcpServers": {f"jira-hub-{module}": {"command": "uv", "args": [*run, module, "--project", label]}}}
 
diff --git a/src/jira_hub/core/release.py b/src/jira_hub/core/release.py
index 0b7cfb7..10d413a 100644
--- a/src/jira_hub/core/release.py
+++ b/src/jira_hub/core/release.py
@@ -19,7 +19,7 @@ VERSION_RE = re.compile(r"^AGENT_VERSION = (\d+)[ \t]*\r?$", re.M)
 
 SHA256_RE = re.compile(r"[0-9a-f]{64}")
 
-_warned: str | None = None          # текст последнего предупреждения о манифесте: одно на каждую новую ошибку (решение 5)
+_warned: dict[str, str] = {}        # путь манифеста → текст последнего предупреждения: одно на каждый новый текст на путь (решение 5)
 _warned_lock = threading.Lock()
 
 
@@ -152,12 +152,14 @@ def _manifest_problem(m) -> str | None:
 def _note_manifest(problem: str | None, path: Path) -> None:
     """Предупреждение о негодном манифесте — один раз на каждый новый текст; годный или отсутствующий манифест
     сбрасывает память (решение 5). Замок: claim и GET /agent читают манифест из разных потоков."""
-    global _warned
     text = None if problem is None else f"release: манифест {path}: {problem} — публикации нет"
+    key = str(path)
     with _warned_lock:
-        if text is not None and text != _warned:
+        if text is None:
+            _warned.pop(key, None)
+        elif _warned.get(key) != text:
             log.warning("%s", text)
-        _warned = text
+            _warned[key] = text
 
 
 def current(release_dir) -> dict | None:
diff --git a/tests/test_api.py b/tests/test_api.py
index 2af7736..fd368d7 100644
--- a/tests/test_api.py
+++ b/tests/test_api.py
@@ -498,7 +498,7 @@ def test_claim_survives_unreadable_release(hub):
 
 def test_invalid_manifest_one_warning_for_many_claims(hub, monkeypatch, caplog):
     """M-3/M-7 #25, спека «Негодный манифест»: version = 6.9 — публикации нет; 10 claim и GET /agent — одно предупреждение."""
-    monkeypatch.setattr(release, "_warned", None)
+    monkeypatch.setattr(release, "_warned", {})
     rd = release.module_dir(hub["hub"].release_root, "jira")
     (rd / "manifest.json").write_text('{"version": 6.9, "sha256": "' + "a" * 64 + '"}', encoding="utf-8")
     for _ in range(10):
diff --git a/tests/test_cli.py b/tests/test_cli.py
index dd43886..ebe21ab 100644
--- a/tests/test_cli.py
+++ b/tests/test_cli.py
@@ -89,3 +89,18 @@ def test_mcp_unknown_module(monkeypatch, capsys):
     err = capsys.readouterr().err
     assert "неизвестный модуль nope" in err and "jira" in err
     assert seen == []
+
+
+def test_agent_publish_migrates_old_layout(tmp_path, monkeypatch, capsys):
+    """M-3: корневые agent.py/manifest.json прежней раскладки переезжают в release/jira/ до проверки «только вверх»."""
+    monkeypatch.setenv("JIRA_HUB_HOME", str(tmp_path))
+    rel = tmp_path / "release"
+    rel.mkdir()
+    old = tmp_path / "old.py"
+    old.write_text("AGENT_VERSION = 14\n", encoding="utf-8")
+    release.publish(rel, old)                                      # прежняя раскладка: release/agent.py + manifest.json
+    new = tmp_path / "new.py"
+    new.write_text("AGENT_VERSION = 13\n", encoding="utf-8")
+    assert cli.main(["agent", "publish", str(new)]) == 1           # v13 < v14: «только вверх» видит прежнюю публикацию
+    assert not (rel / "agent.py").exists() and not (rel / "manifest.json").exists()
+    assert json.loads((rel / "jira" / "manifest.json").read_text(encoding="utf-8"))["version"] == 14
diff --git a/tests/test_release.py b/tests/test_release.py
index ab46731..8044cd5 100644
--- a/tests/test_release.py
+++ b/tests/test_release.py
@@ -223,7 +223,7 @@ def test_invalid_manifest_means_no_release(tmp_path, manifest):
 
 def test_invalid_manifest_warns_once_per_new_error(tmp_path, monkeypatch, caplog):
     """M-3 #25, решение 5: одно предупреждение на каждый новый текст ошибки; годный манифест сбрасывает память."""
-    monkeypatch.setattr(release, "_warned", None)
+    monkeypatch.setattr(release, "_warned", {})
     rd = tmp_path / "release"
     rd.mkdir()
     manifest = rd / "manifest.json"
@@ -285,3 +285,16 @@ def test_hint_unknown_launcher_until_reported():
     assert release.hint(rel, online9, None, None, reported=True) == "агент запущен без run.py — обновится только вручную"
     rb = {"state": "rolled_back", "from_version": 9, "to_version": 10, "error": "код 1"}
     assert release.hint(rel, online9, rb, None, reported=False) == "откат с v10 на v9: код 1"
+
+
+def test_invalid_manifest_warning_not_repeated_across_alternating_dirs(tmp_path, monkeypatch, caplog):
+    """M-1: два агента — негодный манифест одного и отсутствующий у другого не сбрасывают память друг друга."""
+    monkeypatch.setattr(release, "_warned", {})
+    bad, none = tmp_path / "jira", tmp_path / "wiki"
+    bad.mkdir()
+    none.mkdir()
+    (bad / "manifest.json").write_text('{"version": 0, "sha256": "x"}', encoding="utf-8")
+    for _ in range(10):
+        assert release.current(bad) is None
+        assert release.current(none) is None
+    assert len([r for r in caplog.records if "манифест" in r.getMessage()]) == 1